As Direções Regionais de Agricultura e Pescas são as entidades responsáveis pela instrução do respetivo processo, fazendo a recolha e validação dos documentos, solicitar, no prazo máximo de 10 dias, o parecer ao serviço competente em razão de matéria, quando este não é apresentado pelo interessado, e emissão num prazo de 30 dias, finda a instrução do processo, de um relatório nos termos do artigo 126º do Código de Procedimento Administrativo que depois remetem à Entidade Nacional da Reserva Agrícola para emissão de parecer.