
O PEPAContinente é integrada por uma comissão diretiva, composta por um presidente e por três vogais, por uma comissão de gestão e por um secretariado técnico.
O apoio logístico e administrativo à PEPAContinente é assegurado, até dia 31 de dezembro de 2023, pelo Gabinete de Planeamento, Políticas e Administração Geral, e a partir dessa data pela Direção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural.
A criação da autoridade de gestão surge na sequência da publicação do Decreto-Lei n.º 5/2023, de 25 de janeiro, que estabeleceu o modelo de governação dos fundos europeus atribuídos a Portugal, nomeadamente, no qual se inclui o modelo de governação do Plano Estratégico da Política Agrícola Comum para Portugal (PEPAC Portugal), para o período de programação de 2023 a 2027.